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Le plus grand bioterroriste du monde

samedi 4 juin 2011, par rigas

Mise à jour : l’infection des malades de Bègle a permis d’identifier des graines de fenugrec (type de fenouil) importé d’Egypte par une entreprise allemande. (Promedmail). Mais un malade suédois ne semble pas d’avoir voyagé ou mangé des graines germées ... Est-ce une nouvelle vengeance du pharaon ?

Epidémie d’Escherichia coli (ou E. coli pour les intimes prononcé "eucoli" par les journalistes). Donc on peut tout suivre grâce au bulletin d’alerte des épidémies (
http://www.promedmail.org/) [1].

Donc il s’agit d’un sale bestiole ! Il y a en effet des gentilles et des méchantes souches d’E. coli. Les méchantes sont entérohémorragiques (ECEH). Mais dans ce cas, non seulement est-elle responsable de diarrhées et d’insuffisances rénales ; elle est aussi extrêmement résistante aux antibiotiques. (voir bulletin du 3 juin de Promedmail)

A tel point que certains chercheurs se demandent si ce n’est pas une sorte de combinaison bizarroïde d’élèments provenant de la nature mais pas de l’alimentation. C’est très très officiel ce que je raconte là, pas du tout des propos de dangereux conspirationnistes ! voir l’annonce du BGI après avoir communiqué le génome de cette saloperie. C’est ce que pense aussi Flemming Scheutz, patron du centre de référence de l’OMS "Collaborative Centre for Reference and Research on
_Escherichia_ and _Klebsiella_ à Copenhague. Il dit n’avoir jamais vu cette souche dans un animal. Un autre bonhomme, remarque la présence de d’oxides de Tellurine qui sont utilisés comme agent anti-bactérien dans les médicaments contre la lèpre et la tuberculose. On les trouve aussi dans l’industrie électronique et les mines. Enfin, la bactérie frappe les femmes plus que les hommes, les adultes plus que les enfants —au contraire de l’habitude de ce genre de bactérie qu aiment bien peupler notre système digestif. Il y aurait des mécanismes évolutifs liés aux gènes. Les chercheurs observent par exemple le manque du gène eae qui code une sorte de colle (l’intimine) qu’utilisent ces bactéries pour se coller sur les parois adipeuses des intestins... Par contre, la bactérie semble avoir développé un gène qui permet d’adhérer sur les végétaux !!! Le concombre donc... il pourrait bien avoir été l’agent porteur. Va savoir. Pour le moment c’est l’obscurité !

(on lit aussi des trucs intéressant sur Wikipedia)

Le modérateur de la liste promedmail l’a bien dit : vu la forme étrange de la bactérie pathogène on peut se demander si ce n’est pas une des ces expériences étranges du plus grand bioterroriste connu : dame Nature !!

Lire ci-dessous un commentaire dans la revue Science in extenso.

On peut aussi se tenir au courant en suivant les infos du BGI (qui a séquencé le genome complet de la souche dit O104. Comme ça les chinois ont non seulement gagné Roland Garros (victoire de Li Na) mais aussi séquencé la bactérie pathogène. Belle revanche sur leur défaite concernant le SARS. [2]

Bon appétit !



Source : Science Insider, American Association for the Advancement of
Science (AAAS) [edited]

DNA sequence yields clues to Germany’s ’super toxic’ _E. coli_
outbreak


[Author : M Enserink]

Just from the high number of deaths and severe cases, scientists and
public health experts battling Germany’s massive _E. coli_ O104:H4
outbreak knew they were up against something unusual. Now, early
results from sequencing projects of the enterohemorrhagic _E. coli_
(EHEC) strain appear to confirm that a never-before-seen hybrid,
combining the worst of several bacterial strains, is causing the
havoc.

The Beijing Genomics Institute (BGI), in Shenzhen, China, which
today, 2 Jun 2011, announced that it has sequenced the microbe’s
entire 5.2-million-base-pair genome says that its acquisition of
several virulence genes make this EHEC strain "super toxic."

The outbreak, which has caused mayhem in European trade relations, is
still growing ; so far, more than 16 patients have died. The origin of
the microbe remains a riddle ; cucumbers from Spain, originally
fingered as the potential source, were acquitted on Tue 1 Jun 2011,
and have not been replaced by other suspects. All researchers know is
that raw vegetables are the most likely carrier.

Scientific results announced in 2 press releases, both also intended
to tout the extraordinary speed of today’s sequencing technology,
suggest that within the microbe’s DNA lie clues to its aggressive
nature.

The 2nd came from Life Technologies Corporation, which manufactures
so-called 3rd-generation sequencing machines. Today, 2 Jun 2011, the
company announced that sequencing at its lab in Darmstadt, Germany, in
collaboration with the nearby University of Munster, "strongly
suggests that the bacterium is a new hybrid type of pathogenic _E.
coli_ strains." Spokespeople for the company in the USA and Germany
could not provide details. "Further analyses on Ion PGMT", the
company’s flagship sequencing machine, "will confirm [the] data," the
press release promised.

BGI, meanwhile, says that the microbe’s genome, which it says took
just 3 days to sequence, also using Life Technologies equipment
reveals that it shares 93 percent of its sequence with EAEC 55989 _E.
coli_, a strain isolated in the Central African Republic and known to
cause serious diarrhea. It appears to have acquired several genes that
make it more pathogenic, however, probably in a process called
horizontal gene transfer, by which microbes exchange bits of genetic
information.

In an e-mail to ScienceInsider, Yang Bicheng, director of BGI’s
marketing department, wrote that one gene fragment appears to have
come from another foodborne pathogen, _Salmonella enterica_, while
other genes are highly homologous to those found in other,
phylogenetically distinct _E. coli_ strains, including a strain called
O25:H4-ST131.

BGI, which has made the sequence available for researchers to
download, says the analysis also confirmed that the microbe is
resistant to many antibiotics. These include aminoglycosides, the
macrolides, and the beta-lactams "all of which makes antibiotic
treatment extremely difficult," according to the press release.
However, German EHEC patients aren’t treated with antibiotics ; most
scientists believe they make matters worse, because killing EHEC
results in the release of more toxin.

Yang acknowledged that finding the resistance genes may not be
clinically relevant, but says they may help understand how the strain
arose. "The evolutionary process of this very strange hybrid strain
may be a very interesting scientific story," Yang wrote in his
e-mail.

Microbial genomicist Frederick Blattner of the University of
Wisconsin, Madison who worked for almost 15 years to sequence the 1st
_E. coli_ strain and finished in 1997 says the results have to be
considered preliminary ; it’s not clear whether BGI assembled the
entire genome from its sequenced pieces, he notes, and usually in such
efforts, a number of stretches need to be resequenced. Still, "they
did this at an amazing speed, and it looks like they found some very
intriguing information," Blattner says.


Communicated by :ProMED-mail.


[2Cao, Cong (2004) ’Sars : "Waterloo" of Chinese Science’, China : an international journal 2(2 (Sept.)):262-86.

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